Vastavalt KeMÜ põhikirjale valitakse üldkoosolekul kaheks aastaks kuni seitsmeliikmeline juhatus, kes tegutsedes ühingu jaoks kõige otstarbekamal viisil, esindab ja juhib seda. Juhatus valib juhatuse liikmete hulgast juhatuse esimehe ja aseesimehe.
Juhatuse esimees Karl Kupits ning koosseis on järgmine:
Eesti Keskkonnamõju Hindajate Ühing MTÜ